中医文献与文化研究院是全国最早成立的中医文献专门研究机构之一。其建设历程始于1957年成立的中医文献研究组，1976年改称中医文献研究室，1985年经山东省机构编制委员会批准成立处级建制的中医文献研究所。2006年以中医文献研究所为依托成立信息管理学院，成为科研兼教学机构。2017年与信息管理学院分设，更名为中医文献与文化研究院。

研究院下设中医文献、中医文化、中医学术流派、中医药数字人文、科学技术史5个研究室（中心）和中医文献学教研室，其中中医学术流派研究室为国家中医药管理局重点研究室。是教育部重点实验室――中医药经典理论实验室和山东省扁鹊文化研究中心、山东省高校中医药文化示范协同创新中心依托单位，也是中华中医药学会医史文献分会主任委员单位。2019年中医文献与文化研究院教工党支部入选“全国党建工作样板支部”。2021年中医文献与文化教师团队入选第二批“全国高校黄大年式教师团队”。

徐国仟教授、张灿玾国医大师、张志远国医大师等著名学者为学科的壮大奠定了坚实的基础，铸就了“博极医源，精勤不倦”的学术传统。研究院现有教职员工26人，其中教授11人、副教授2人，讲师13人，20人拥有博士学位，博士生导师6人，硕士生导师5人。有“岐黄学者”1人，“泰山学者攀登计划”专家1人，国家“973”项目首席科学家1人，享受国务院政府特殊津贴专家1人，“全国五一劳动奖章”获得者1人，“全国优秀科技工作者”1人，首届“全国中医药高等学校教学名师”1人，中华中医药学会“首席健康科普专家”1人，全国优秀中医人才1人，山东省教学名师1人，山东省高校十大师德标兵1人，山东省富民兴鲁劳动奖章获得者1人，山东省优秀共产党员1人。

研究院设有中医医史文献学博士学位授予点、中医学博士后流动站，一级学科科学技术史专业和二级学科中医医史文献专业硕士学位授予点。中医医史文献学科是国家重点学科、山东省重点学科强化建设A级学科、山东省“泰山学者”攀登计划岗位设岗学科、中医学博士后流动站覆盖学科、国家中医药管理局中医药优势学科继续教育基地。中医文献学是国家中医药管理局高水平中医药重点学科。“中医药文献与文化研究中心”是山东省“十三五”省级强化建设人文社会科学研究基地。

研究院始终秉承着“博极医源、精勤不倦”的院训，在传承精华中奋力争先，在守正创新中勇立潮头，为盘活优秀中医药文化资源，大力推进中医药文化创造性转化、创新性发展，打造齐鲁中医药文化品牌做出了重要贡献。先后牵头973项目“中药药性理论相关基础问题研究”、国家公共卫生资金项目“中医药古籍保护与利用能力建设”、国家重点研发计划“丹参深度开发、产业升级关键技术研究和科技示范”、《中华医藏》方书类医籍调研、复制和内容提要编撰等多项国家和省部级课题，起草制定了我国第一部指导中医药古籍整理研究的行业标准《中医古籍整理规范》；研究成果“中药寒热药性科学内涵及其表征体系的研究与应用”获得山东省科技进步一等奖、“中医学术流派研究与评价体系的建立及应用”获得中华中医药学会“李时珍医药创新奖”，“基于三元论的中药药性评价体系构建与应用”获得教育部高等学校科学研究优秀成果奖二等奖。“基于中医原创思维的中药药性理论创新与应用”获得2019年国家科学技术进步奖二等奖。